Phòng Quản lý xây dựng công trình có chức năng, nhiệm vụ tham mưu cho Giám đốc sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành về xây dựng các công trình thuỷ lợi, nước sinh hoạt nông thôn và cơ sở hạ tầng trong các dự án nông -  lâm - ngư nghiệp, diêm nghiệp thuộc phạm vi  quản lý của Sở, cụ thể:

1. Chủ trì tham mưu cho Giám đốc sở thực hiện chức năng quản lý nhà nước về xây dựng cơ bản chuyên ngành theo quy định hiện hành về Quản lý đầu tư và xây dựng của Nhà nước và phân công, phân cấp của UBND tỉnh;

2. Chủ trì tham mưu để Giám đốc sở hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, các tiêu chuẩn, quy chuẩn, quy trình, quy phạm, định mức kinh tế - kỹ thuật, đơn giá về đầu tư xây dựng công trình thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Sở; trình tự, thủ tục và các quy định từ chủ trương lập dự án đầu tư đến thực hiện xây dựng công trình và bàn giao đưa vào sử dụng;

3. Chủ trì, phối hợp với các phòng chuyên môn và các đơn vị liên quan thẩm định hồ sơ đầu tư xây dựng công trình: Đề cương - dự toán khảo sát, lập dự án đầu tư, lập thiết kế kỹ thuật, bản vẽ thi công, thiết kế cơ sở; thẩm định thiết kế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công, kế hoạch đấu thầu, hồ sơ mời thầu, kết quả lựa chọn nhà thầu, kiểm tra công tác nghiệm thu, bàn giao đưa công trình vào sử dụng theo quy định của pháp luật và phân công, phân cấp của UBND tỉnh;

4. Chủ trì, phối hợp với các phòng chuyên môn và các cơ quan liên quan đánh giá chất lượng xây dựng các công trình thuỷ lợi, cơ sở hạ tầng trong các dự án nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp thuộc phạm vi quản lý của Sở;

5. Phối hợp với Phòng kế hoạch - tài chính tham mưu, đề xuất chủ trương đầu tư  các công trình xây dựng cơ bản thuộc lĩnh vực nông nghiệp và PTNT; chủ trì tham mưu cho Lãnh đạo sở các văn bản giai đoạn chuẩn bị đầu tư, giám sát quá trình thực hiện, nghiệm thu, thanh quyết toán, bàn giao công trình đưa vào sử dụng theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý của UBND tỉnh;

6. Tham gia thẩm định, xác nhận năng lực, điều kiện hành nghề xây dựng chuyên ngành nông nghiệp, nông thôn; theo dõi, kiểm tra tiến độ, chất lượng xây dựng công trình; đề xuất xử lý các nhà thầu không đảm bảo tiến độ và chất lượng có thể gây ra sự cố hoặc công trình xây dựng không đúng quy trình, quy phạm và thiết kế được duyệt theo quy định của pháp luật;

7. Tham mưu văn bản để Giám đốc sở có chủ trương đối với các dự án đầu tư xây dựng của các ngành, địa phương có liên quan đến công tác quản lý nhà nước về xây dựng công trình thuỷ lợi, nước sinh hoạt, vệ sinh môi trường nông thôn và cơ sở hạ tầng nông - lâm - ngư nghiệp, diêm nghiệp;

8. Phối hợp với các phòng chuyên môn và đơn vị liên quan tham mưu cho Giám đốc sở về quy chế hoạt động của các Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình thuộc Sở quản lý; đề xuất sửa đổi, bổ sung các quy định, chế độ quản lý đầu tư xây dựng, định mức, đơn giá xây dựng chuyên ngành trình cấp có thẩm quyền phê duyệt;

9. Quản lý, sử dụng, lưu trữ hồ sơ tài liệu công trình xây dựng theo quy định của Nhà nước; quản lý và tổ chức triển khai ứng dụng các tiến bộ kỹ thuật, công nghệ về xây dựng cơ bản chuyên ngành. Lập báo cáo định kỳ và đột xuất về công tác xây dựng cơ bản của Ngành  theo quy định;

10. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Giám đốc sở.