Thanh tra Sở có chức năng, nhiệm vụ giúp Giám đốc sở thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành trong phạm vi lĩnh vực quản lý của Sở Nông nghiệp và PTNT, cụ thể:

1. Xây dựng kế hoạch thanh tra trình Giám đốc sở phê duyệt và tổ chức thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn được giao của các cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý trực tiếp của Sở; thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn - kỹ thuật, quy tắc quản lý của cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc phạm vi quản lý của Sở Nông nghiệp và PTNT;

2. Thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng theo quy định của pháp luật;

3. Hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện các quy định của pháp luật về công tác thanh tra; kế hoạch thanh tra của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trực thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT;

4. Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của Giám đốc sở, Thanh tra sở;

5. Kiểm tra tính chính xác, hợp pháp của kết luận thanh tra và quyết định xử lý sau thanh tra của Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thuộc Sở đối với vụ việc thuộc ngành, lĩnh vực quản lý nhà nước của Sở khi cần thiết;

6. Chủ trì các Đoàn thanh tra chuyên ngành khi có nội dung liên quan đến nhiều chi cục trực thuộc Sở; chủ trì hoặc tham gia các Đoàn thanh tra liên ngành khi Giám đốc sở yêu cầu; tham gia các Đoàn thanh tra khi Bộ trưởng, Chánh Thanh tra Bộ Nông nghiệp và PTNT yêu cầu;

7. Tham gia công tác tuyên truyền, giáo dục, phổ biến, hướng dẫn thực hiện pháp luật về thanh tra; tổ chức tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành cho đội ngũ cán bộ làm công tác thanh tra trong các cơ quan, đơn vị trực thuộc sở;

8. Tổng hợp, báo cáo Giám đốc sở, Chánh Thanh tra tỉnh về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng; tổng kết, rút kinh nghiệm về công tác thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Sở; báo cáo Thanh tra Bộ về công tác thanh tra của Ngành theo quy định của pháp luật;

9. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Giám đốc sở.